Środowiskowe Laboratorium Spektrometrii Mas

Kierownik Pracowni: prof. dr hab. Michał Dadlez
Zespół: mgr Jacek Olędzki, mgr Jacek Sikora, mgr Magdalena Bakun, mgr Agnieszka Fabijańska, mgr Janusz Dębski, mgr Agata Malinowska, mgr Piotr Zarębski, mgr Marta Tkaczyk, Michał Kistowski

Laboratorium Spektrometrii Mas wykonuje pomiary mas cząsteczkowych peptydów, białek oligonukleotydów i innych ważnych biologicznie związków. Masy cząsteczkowe peptydów tryptycznych stanowią na przykład podstawę do identyfikacji białek wraz z ich modyfikacjami potranslacyjnymi. Natomiast pomiary amplitudy sygnału w widmach MS pozwalają na relatywne, a przy użyciu standardów wewnętrznych również absolutne, pomiary stężeń związków w złożonych preparatach biologicznych. Pomiary relatywnych stężeń białek stanowią podstawe proteomiki różnicowej, gdzie proteomika pozwala na określenie różnic w składzie białkowym próbek.

Laboratorium wykonuje projekty proteomiczne korzystając z najnowszej dostępnej na rynku aparatury – spektrometrów mas: Q-ToF Premier, LTQ FTICR, Orbitrp Velos. Próbki dostarczane przez współpracowników to najczęście prążki z żeli poliakryalmidowych ale także frakcje chromatogrqafii cieczowej, czy mieszaniny białkowe będące efektem immunoprecypitacji, a celem doświadczenia jest określenie składu białkowego próbki.

Identyfikacja i lokalizacja modyfikacji potranslacyjnych stanowi trudniejsze wyzwanie, ale również jest z powodzeniem wykonywana. Średnio, laboratorium wykonuje 200-250 analiz tego typu miesięcznie. Wiele projektów zakłada porównanie składu białkowego złożonych mieszanin – subproteomów. Wymaga to użycia odpowiednich narzędzi informatycznych, nie są one dostępne komercyjnie, tworzenie nowych narzędzi informatycznych na potrzeby protoemiki jest również prowadzone w Laboratorium.

Laboratorium organizuje wykłady i cwiczenia dla studentów. Laboratorium uczestniczy w wielu projektach badawczych, finansowanych z MNiSzW, UE z współudziałem wielu grup badawczych, również spoza IBB. W największej części dotyczą one zastosowania metod proteomiki różnicowej w badaniach najróżniejszego typu subproteomów. Proteomika różnicowa ma na celu określenie różnic w poziomach białek między próbkami. Wyniki te naniesione na znaną siec zależności między białkami (podejście biologii systemów) może przynieśc lepsze zrozumienie badanych zjawisk an poziomie globalnym. Na przykład metodami proteomiki różnicowej badany jest proteom synaptosomów w mysich modelach choroby Alzheimera. Stosując kaskadę rozdziałów peptydów przez izoelektroogniskowanie i chromatografię cieczową w jednym eksperymencie jesteśmy w stanie śledzic zmiany w poziomie > 2000 białek. Podobne podejście stosujemy w badaniach proteomu moczu, których celem jest stworzenie nowej nieinwazyjnej metody diagnozy chorób nerek i układu moczowego. Spektrometria mas może by również stosowana do badań strukturalnych białek. Stosujemy badania kinetyki wymiany proton-deuter do badania własności strukturalnych białek i ich kompleksów, jak na przykład receptora RAGE czy kompleksy keratyny 8 domeny NBD białka CFTR, którego mutacja prowadzi do mukowiscydozy.

 

Strona Zespołu:

http://mslab-ibb.pl