Kolekcja szczepów drożdżowych, bakteryjnych, bakteriofagów i plazmidów

W Instytucie Biochemii i Biofizyki PAN od 2001 roku istnieje Kolekcja Szczepów „COLIBB”. W 2003 roku kolekcja została wcielona do Krajowej Sieci Informacji o Bioróżnorodności (KSIB).

W 2004 roku napisany został program w języku PHP, obsługujący bazę danych zgodnie ze standardem Darwin Core 2.0 obowiązującym dla Global Biodiversity Information Facility (GBIF). W 2006 roku program był zmodyfikowany w sposób usprawniający przedstawianie zawartych w bazie danych tak, aby dostarczały optymalnej ilości informacji i ułatwiały precyzyjną charakterystykę kolekcjonowanych szczepów (m.in. poprzez wprowadzenie nowych pól w kartach charakterystyki szczepów). W latach 2003-2006 prowadzono prace nad dalszą rozbudową poszczególnych podgrup kolekcji: szczepów bakteryjnych, drożdżowych oraz plazmidów. Obecnie kontynuowane są prace nad usprawnieniem wprowadzania rekordów i wyszukiwania danych w istniejących podgrupach kolekcji, a także rozbudowano bazę o kolejne dwie podgrupy szczepów. W chwili obecnej instytutowa kolekcja szczepów „COLIBB” zawiera pięć podgrup: szczepy bakteryjne, drożdżowe, plazmidy, bakteriofagi oraz izolaty środowiskowe.

W ramach współpracy z Siecią Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów, w 2008 roku wprowadzono do zasobów kolekcji IBB informacje o 200 referencyjnych szczepach bakteriofagowych niezbędnych do prowadzenia badań nad fagami i określania ich specyficzności. Ponadto prowadzono dalszą rozbudowę podgrupy - Izolatów Środowiskowych, w skład której wchodzą szczepy (bakterie i grzyby) izolowane ze środowisk naturalnych. Wymienione szczepy poddawane są dokładnej analizie mającej na celu ich charakterystykę. W chwili obecnej zdeponowanych jest już 300 szczepów wyizolowanych z kopalni złota w Złotym Stoku, a w przygotowaniu są kolejne szczepy bakteryjne oraz grzyby.
W ramach współpracy z KSIB w latach 2003-2007, za pośrednictwem portalu Global Biodiversity Information Facility (GBIF), udostępniono ponad 7600 rekordów przypisanych poszczególnym grupom szczepów bakteryjnych i drożdżowych. W 2009 roku w kolekcji „COLIBB” znajdowało się 3008 szczepów bakteryjnych (Acinetobacter baumannie, Aeromonas sp.,  Arthrobacter sp., Bacillus subtilis, Bifidobacterium longum, Brevundimonas sp., Chryseobacterium sp., Cryobacterium sp., Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Lactobacillus sp., Lactobacillus casei, Lactobacillus paracasei, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus rhamnosus, Lactococcus cremoris, Lactococcus garvieae, Lactococcus hordniae, Lactococcus lactis, Lactococcus raffinolactis, Micrococcus sp., Paracoccus marcusii, Pseudomonas aeruginosa, Rhodococcus sp., Salmonella typhimurium, Serratia grimesii,  Shewanella sp., Sinorhizobium sp., Sphingomonas sp., Staphylococcus aureus, Stenotrophomonas sp., Streptococcus agalactiae,  Streptococcus bovis, Streptococcus equisimilis, Streptococcus pyogenes, Streptococcus thermophilus, Streptomyces sp.), 3798 szczepów drożdżowych (S. cerevisiae) i 2006 plazmidów.

 

Kolekcja COLIBB i informacje o jej zasobach są dostępne na stronie internetowej IBB PAN: http://kolekcja.ibb.waw.pl/

Opiekunem kolekcji jest mgr Karolina Makieła-Dzbeńska - tel. wew. 1124